Sekcja zwłok ma na celu wyjaśnienie lub potwierdzenie okoliczności śmierci. Jej przeprowadzenie nie stanowi standardowej procedury. W kilku sytuacjach rodzina, lekarz, który stwierdza zgon bądź prokuratura ma prawo wystąpić o jej wykonanie. Są to:
1. Śmierć w szpitalu, która miała miejsce w czasie krótszym niż 12 godzin od momentu przyjęcia osoby chorej do szpitala. W takiej sytuacji lekarz prowadzący, bądź ordynator oddziału szpitalnego mają uprawnienia do zlecenia przeprowadzenia sekcji zwłok.
2. Lekarz, który stwierdza zgon, który ma przypuszczenie, iż śmierć danej osoby miała miejsce ze względu na działanie przestępcze lub gwałtowne ma obowiązek zawiadomić władzę – w tym przypadku policję oraz prokuraturę o podejrzeniu popełnienia przestępstwa i sugerować im konieczność wykonania dokładnej sekcji zwłok.
3. Rodzina – zdarzają się sytuacje, że bliscy osoby chorej, która była leczona w szpitalu mają wątpliwości co do prawidłowości działań medycznych oraz ich powiązań z odejściem członka swojej rodziny. Swoje wątpliwości powinni zgłosić do ordynatora oddziału, on zaś prokuraturze, w celu zbadania sprawy. Rodzina może również samodzielnie udać się do prokuratora i przedstawić swoje wątpliwości i ewentualne posiadane dowody. Takie wątpliwości również stanowią podstawę do wykonania sekcji zwłok.
Sekcja zwłok ma na celu rozwianie wszelkich wątpliwości na temat śmierci. W wielu sprawach sądowych dokonuje się również po dłuższym czasie ekshumacji zwłok i ich badania w celu potwierdzenia pojawiających się wątpliwości. Jej przeprowadzeniem zajmują się wyspecjalizowani lekarze, którzy rozpoczynają od oględzin ciała zmarłego i oceny wszelkich śladów jakie się na nim znajdują. Następnym krokiem jest dokładne sprawdzenie kości i narządów wewnętrznych, gdzie możliwe jest znalezienie i wyjaśnienie różnego rodzaju urazów, które mogły stanowić pośrednią lub bezpośrednią przyczynę zgonu. Natomiast nie została ona wykryta podczas badań lekarskich dokonywanych jeszcze za życia chorego.
